Институт геологии был организован в 1951 году одновременно с открытием в г. Уфе Башкирского филиала Академии наук СССР в качестве одного из научно-исследовательских учреждений. С 1951 по 1968 год он назывался Горно-геологическим институтом, а с 1968 года по настоящее время – Институтом геологии. В 2017 г. Институт присоединен к Уфимскому научному центру Российской академии наук и с 22 января 2018 года приобрел статус обособленного структурного подразделения Федерального государственного бюджетного научного учреждения Уфимского федерального исследовательского центра Российской академии наук.

За 70 лет своего существования Институт геологии сложился как комплексное научно-исследовательское учреждение с разносторонней тематикой. В настоящее время в Институте проводятся фундаментальные, поисковые и прикладные научные исследования по следующим направлениям: стратиграфия и палеонтология Урала и восточной окраины Русской платформы; геодинамика, магматизм, метаморфизм, геофизика и палеомагнетизм складчатых сооружений и платформ на примере Урала и сопредельных территорий; образование и закономерности размещения месторождений рудных и нерудных полезных ископаемых и углеводородного сырья на примере Урала и сопредельных территорий; изотопная геохимия осадочных, магматических и рудоносных комплексов; геоэкология и гидрогеология Урала и восточной части Волго-Уральского артезианского бассейна; техногенные минеральные полезные ископаемые Южного Урала.